+

75lat.p.lodz.pl
Wikamp







Fb

 
 

Tematyka badawcza Instytutu Biotechnologii Molekularnej i Przemysłowej

A+ / A-

Tematyka badawcza realizowana w Instytucie Biotechnologii Molekularnej i Przemysłowej

Zespół biochemii strukturalnej

  • Badania krystalograficzne natywnych białek i ich kompleksów z ligandami oraz peptydów i małocząsteczkowych związków syntetycznych.
  • Określanie struktur krystalicznych biocząsteczek na podstawie eksperymentu dyfrakcyjnego na monokryształach.
  • Analiza oddziaływań białko-ligand np. enzym-inhibitor, przeciwciało-ligand; białko-białko; białko-kwasy nukleinowe.
  • Zastosowanie badań krystalograficznych do wyznaczania struktury białek będących potencjalnym celem terapeutycznym.
  • Badania strukturalne związków biologicznie czynnych w aspekcie wykorzystania w medycynie i biotechnologii 
  • Określanie właściwości białek użytecznych biotechnologicznie na podstawie informacji strukturalnych.
  • Wykorzystanie krystalografii i NMR ciała stałego jako technik komplementarnych w badaniach strukturalnych biocząsteczek.
  • Rozwój metodyki krystalograficznej: optymalizacja procesu krystalizacji i eksperymentu dyfrakcyjnego oraz krioprotekcji, tworzenie pochodnych białek z atomami ciężkimi do pomiarów techniką MAD lub SAD. 
  • Modelowe badania nad metodami detekcji rzadkich modyfikacji cysteiny w białkach: S-glikozylacji, mono-ADP-S-rybozylacji oraz S-fosforylacji

Zespół bioaktywnych fitozwiązków i nutrigenomiki

  • Charakterystyka surowców i handlowych produktów pochodzenia roślinnego pod kątem składu jakościowego i ilościowego witamin, barwników roślinnych, aminokwasów, kwasów organicznych i związków fenolowych
  • Określanie aktywności antyoksydacyjnej substancji wzorcowych i potencjału antyoksydacyjnego żywności metodami in vitro, w tym na modelach komórkowych
  • Badanie stabilności składników żywności w warunkach symulowanego trawienia in vitro
  • Określanie interakcji pomiędzy związkami fenolowymi a enzymami trawiennymi
  • Charakterystyka prozdrowotnego działania fitozwiązków (związki fenolowe, terpeny, witaminy, barwniki, kwasy tłuszczowe i ich pochodne) oraz związków syntetycznych w warunkach in vitro (hodowle komórkowe) ze szczególnym uwzględnieniem syndromu metabolicznego i innych chorób cywilizacyjnych
  • Poszukiwanie związków o działaniu przeciwcukrzycowym w grupie ligandów receptorów sprzężonych z białkami G (GPCR)
  • Określanie cytotoksyczności, efektywności i molekularnych podstaw działania chemioterapeutyków wobec komórek różnych linii nowotworowych
  • Wykonywanie testów biozgodności materiałów w zakresie toksyczności komórkowej in vitro

Członkowie zespołu

prof. dr hab. Maria Koziołkiewicz
dr hab. Edyta Gendaszewska-Darmach, prof. uczelni
dr hab. Anna Podsędek
dr inż. Małgorzata Redzynia
dr inż. Dorota Sosnowska
dr inż. Małgorzata Zakłos-Szyda

Pracownicy naukowo-badawczy zatrudnieni w ramach projektów finansowanych przez Narodowe Centrum Nauki
dr inż. Anna Drzazga – kierownik projektu Sonatina 2
dr inż. Marcin Szustak – Post - Doc w projekcie OPUS16

Doktoranci
mgr inż. Eliza Cichońska
mgr inż. Katarzyna Chałaśkiewicz
mgr inż. Aleksandra Marchwicka
mgr inż. Kaja Karaś
mgr inż. Dominika Polka
mgr inż. Nina Pietrzyk

Realizowane obecnie projekty badawcze

  • Wyjaśnienie kontrowersyjnej roli kwasu palmitooleinowego w dietoprofilaktyce zaburzeń homeostazy węglowodanów i lipidów
    dr hab. Edyta Gendaszewska - Darmach, prof. PŁ; 2019-2022 Opus 16
  • Dieta i ludzki mikrobiom jelitowy jako źródła N-acylowanych amin będących ligandami receptorów GPCR
    dr inż. Anna Katarzyna Drzazga 2018-2021 Sonatina 2
  • Wpływ składników owoców kaliny koralowej (Viburnum opulus) na metabolizm lipidów i adipogenezę – badania in vitro
    dr inż. Anna Podsędek 2017-2020 Opus
  • Wpływ wybranych fitozwiązków na metabolizm fruktozy – badania in vitro
    dr inż. Małgorzata Zakłos-Szyda Miniatura 3

Biotechnologia przemysłowa

Zespół biokatalizy

Członkowie zespołu
dr hab. inż. Aneta Białkowska
dr inż. Barbara Sikora
dr inż. Aleksandra Twarda-Cłapa

Doktoranci
mgr inż. Iga Jodłowska
mgr inż. Edyta Majewska

Zespół bioremediacji

  • Biosynteza różnych drobnoustrojowych enzymów, w tym hydrolaz glikozydowych (celulazy, pektynazy, chitozanazy, amylazy), lipaz triacyloglicerolowych i enzymów proteolitycznych w hodowlach wgłębnych i solid state
  • Wytwarzanie preparatów enzymatycznych, w tym immobilizacja enzymów i komórek
  • Oddziaływanie enzymów mikrobiologicznych z nanorurkami węglowymi i grafenem
  • Dobór warunków enzymatycznej konwersji odpadów rolno-spożywczych (zawierających węglowodany, tłuszcze i białka) w produkty o wartości dodanej
  • Prowadzenie procesów biotransformacji w środowiskach niewodnych z wykorzystaniem immobilizowanych biokatalizatorów (komórek i enzymów)
  • Otrzymywanie na drodze biosyntezy oraz konwersja substancji lipidowych
  • Prowadzenie procesów biotransformacji chitozanu do związków użytecznych przemysłowo
  • Biosolubilizacja węgla brunatnego
  • Bioremediacja gruntów zanieczyszczonych związkami ropopochodnymi (olej napędowy, olej transformatorowy, olej popirolityczny, frakcje destylacji ropy naftowej)
  • Innowacyjne technologie bioremediacji (preparaty enzymatyczne, sorbenty, biosurfaktanty)
  • Monitoring procesów bioremediacji przy wykorzystaniu parametrów biochemicznych i fizyko-chemicznych
  • Biodegradacja materiałów odpadowych (guma)
  • Izolacja, screening i wykorzystanie endofitów w bioremediacji
  • Biodegradacja biodiesla

Zespół inżynierii biopolimerów i biosystemów

Identyfikacja taksonomiczna drobnoustrojów w oparciu o techniki biologii molekularnej

  • poszukiwanie homologicznych sekwencji DNA i tworzenie drzew filogenetycznych

Technologia rekombinacji DNA in vitro

  • izolowanie i analiza różnego pochodzenia kwasów nukleinowych (plazmidowy, chromosomalny i metagenomowy DNA oraz RNA mikroorganizmów),
  • konstrukcja drobnoustrojowych bibliotek genów,
  • dobór starterów i warunków do wykonania reakcji PCR i sekwencjonowania,
  • analiza restrykcyjna fragmentów DNA, wykonanie map restrykcyjnych,
  • ekspresja rekombinowanego genetycznie DNA w bakteriach i drożdżach

Analiza bioinformatyczna sekwencji DNA całych genomów mikrobiologicznych

  • składanie dłuższych sekwencji z pojedynczych odczytów, tworzenie pojedynczych kontigów,
  • annotacje wygenerowanych kontigów, w tym odnalezienie rejonów kodujących białka oraz przypisanie im funkcji na podstawie homologii z dostępnymi bazami danych

Proteomika

  • analiza profili białek dzikich szczepów drobnoustrojów oraz ich mutantów za pomocą dwuwymiarowej elektroforezy żelowej (2-D),
  • identyfikacja białek różnicujących przy wykorzystaniu odpowiedniego oprogramowania komputerowego, np. PDQueast

Inżynierowanie białek

  • typowanie i analiza mutacji w docelowym białku na podstawie przyrównań sekwencyjnych i strukturalnych z wzorcowymi matrycami,
  • racjonalne projektowanie biokatalizatorów o pożądanych cechach w oparciu o techniki ukierunkowanej mutagenezy,
  • wykorzystywanie technik ukierunkowanej ewolucji w celu pozyskiwania nowych, unikatowych białek enzymatycznych,
  • projektowanie, poprzez modelowanie homologiczne, struktur przestrzennych zinżynierowanych bądź natywnych białek w oparciu o podobieństwo sekwencyjno-strukturalne, dokowanie in silico substratów w centrum aktywnym białek

Bakteryjna nanoceluloza

Zastosowanie i molekularne aspekty biosyntezy

  • Poznanie mechanizmu ruchliwości bakterii Gluconacetobacter  xylinus i jego wpływu na strukturę bionanocelulozy
  • Poznanie mechanizmu biosyntezy celulozy i jego regulacji w przypadku Gluconacetobacter  xylinus
  • Identyfikacja genów mających wpływ na biosyntezę bionanocelulozy, w tym szczególnie różnicujących szczepy Gluconacetobacter  xylinus pod kątem wytwarzania błon celulozowych
  • Ekspresja, oczyszczanie i charakterystyka wybranych białek z Gluconacetobacter xylinus
  • Intensyfikacja produkcji bionanocelulozy i modyfikacja struktury błon celulozowych

Jednostki